28 ans après, la SFS réédite le Biosystema 7 (1991) « Systématique et biogéographie historique : textes historiques et méthodologiques », avec des figures entièrement reprises par vos membres du conseil dévoués.

Cet ouvrage est un choix de textes sur l’histoire de la biogéographie historique et sur ses développements récents, découlant d’une part des progrès apportés à la systématique par la méthode phylogénétique de Willi Hennig, d’autre part des vues controversées de Léon Croizat sur la « panbiogéographie ». Il comprend sept articles de Gareth Nelson, Norman Platnick, Colin Patterson et Robin Craw, qui comptent parmi les meilleurs théoriciens de la discipline.

La biogéographie, de Linné à de Candolle et à Darwin jusqu’aux auteurs les plus modernes ; les périls de la plésiomorphie et des taxa largement répandus ; le modèle de la vicariance ; les buts et méthodes actuelles de la discipline ; le problème du rôle des fossiles ; la panbiogéographie et enfin l’avenir possible de la biogéographie historique sont successivement traités. Une bibliographie de près de 200 références offre au lecteur l’accès aux monographies et ouvrages fondamentaux d’une branche entièrement renouvelée de la biologie comparée.

L’ouvrage est disponible aux Editions Matériologiques : https://materiologiques.com/biosystema-1142-7833/296-biosystema-71991-reedition-2019-systematique-et-biogeographie-historique-9782373612226.html?fbclid=IwAR1hipL_K1076Ob-03MjV1Q60w0movGAXaqouhc-jGw1Fe1LHRGsFmlDpv4

https://materiologiques.com/335-thickbox_default/biosystema-71991-reedition-2019-systematique-et-biogeographie-historique.jpg

Les lauréats de la session Systematics, Evolution and Comparative anatomy sponsorisée par la SFS du sixième Young Natural history Meeting qui s’est tenu à Paris du 12 au 16 Mars 2019 sont:

Paul Zaharias du Muséum National d’Histoire Naturelle pour son oral sur « An exon-captured based phylogeny of the Turridae (Gastropoda, Conoidea) » pour le meilleur oral

Michał Gorczak de l’Université de Varsovie pour son poster sur « Surprising phylogenetic position of elusive ant parasite – Myrmicinosporidium durum« .

Bravo à eux!

Du 8 au 10 avril 2019, la Société Française de Systématique organise ses journées annuelles sur le thème « Temps & systématique ».

Ces journées sont organisées en partenariat avec le Muséum d’Histoire naturelle de Toulouse et auront lieu dans l’auditoire du Muséum, 35 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse.

Elles ont pour but de permettre aux systématiciens issus des multiples champs de la biologie (paléontologues, biologistes moléculaires, philosophes) de dialoguer sur la notion de temps en présentant des travaux de leur discipline respective, dans un environnement favorable à l’échange et à la discussion.

Comme chaque année, une session libre permettra également, à ceux qui le souhaitent, de présenter des travaux sans relation directe avec le thème des journées.

Une visite nocturne du Muséum de Toulouse sera organisée à la fin de la première journée.

A ce jour, deux présentations plénières sont confirmées :

· Philippe Huneman, philosophe, Directeur de recherche à l’Institut d’histoire et de philosophie des sciences et des techniques (Paris), nous parlera du temps en philosophie des sciences.

· Emmanuel Douzery, professeur à Institut des sciences de l’évolution de Montpellier (Université de Montpellier), nous parlera du temps en systématique moléculaire.

Les inscriptions se font en ligne sur le site https://fr-systematique.sciencesconf.org/ (lien « S’inscrire »)

La date limite de soumission des résumés est le 5 avril (lien »Déposer ») et les présentations ne doivent pas excéder les 15 minutes.

Prix d’inscription

Prix en euros Non membre de la SFS Membre De la SFS
Non étudiant 60 40
Etudiant (jusqu’à master) et précaires 30 20

En espérant vous voir nombreux

Malcolm SANDERS, Pascal TASSY & Francis DURANTHON

patrick_martin3-png

Patrick Martin (Président)
Institut royal des Sciences naturelles de Belgique
Biologie des Eaux douces
29, rue Vautier. B-1000 Bruxelles – Belgique
Tél. : +32/2/627.43.17
Patrick.Martin@sciencesnaturelles.be

Pascal Tassy (Vice-président)
Muséum national d’Histoire naturelle
CR2P, UMR 7207
pascal.tassy@mnhn.fr

Jérémie Bardin (Secrétaire)
Sorbonne Université
CR2P, UMR 7207
Tél. : 01 40 79 80 61
jeremie.bardin@upmc.fr

Régine Vignes-Lebbe (Secrétaire adjointe)
Sorbonne Université
Laboratoire informatique et systématique
ISYEB, UMR 7205
CP 48, 57 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05
Tél. : 01 40 79 80 61
regine.vignes_lebbe@upmc.fr


Véronique Barriel (Trésorière)
UMR 7207 CR2P CNRS MNHN UPMC
Muséum national d’Histoire naturelle
Case postale 38, 57 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05
Tél. : +33 (0)1 40 79 31 71
veronique.barriel@mnhn.fr

Marc Testé (Trésorier adjoint)
Laboratoire de géographie physique, UMR 8591
Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne
marc.teste@lgp.cnrs.fr

Paul Zaharias (Responsable communication)
MNHN
UMR 7205 ISYEB CNRS MNHN UPMC EPHE
Equipe Exploration, Espèces & Evolution (3E)
57 Rue Cuvier, CP 26, 75005 Paris, France
paul.zaharias@edu.mnhn.fr


Valentin Rineau (Responsable site web)
Sorbonne Université
UMR 7207 CR2P CNRS MNHN SU
4 Place Jussieu, 5ème étage, couloir 56-46, bureau 508
Case 104, 75005 Paris, France
valentin.rineau@upmc.fr

Mathieu Faure-Brac (Responsable bulletin et biosystema)
Sorbonne Université
UMR 7207 CR2P CNRS MNHN SU
4 Place Jussieu, 5ème étage, couloir 56-46, bureau 508
Case 104, 75005 Paris, France
mathieu.faure-brac@upmc.fr

Conseillers

© N. Colmez-Collard.

Paul Chatelain (Conseiller)

plchatelain@gmail.com

© E. Chatelain

Guillaume Lecointre (Conseiller)
MNHN
ISYEB UMR 7205 – CR2P (8 rue Buffon)
Case Postale 24, 57 rue Cuvier, 75005 Paris
TEL/ 01 40 79 37 51
guillaume.lecointre@mnhn.fr

Malcolm Sanders (Conseiller)
malcolm.t.sanders@gmail.com

Biosystema 31 (2018) : Introduction aux méthodes comparatives phylogénétiques

Sous la direction de Paul Zaharias & Malcolm T. Sanders

Le 25 octobre 2017, la Société française de systématique a organisé la première conférence française entièrement consacrées aux méthodes comparatives phylogénétiques (ou PCM en anglais). Ce terme désigne habituellement une approche analytique basée sur la comparaison de différents objets biologiques pour lesquels il est indispensable de prendre en compte la non-indépendance des organismes, c’est-à-dire le contexte phylogénétique. Derrière cette définition large se cachent plus de quarante ans de développement d’une discipline qui a bouleversé les pratiques en biologie de l’évolution. Si la littérature des PCM ne cesse de croître, en particulier depuis les années 2000, ces méthodes peuvent parfois paraître obscures aux non-spécialistes du domaine. Cette incompréhension peut être expliquée en partie par le fait que le langage même des PCM – issu principalement des statistiques – constitue un obstacle pour beaucoup de biologistes. Ce numéro de Biosystema fait le point sur ces méthodes.

Vous pouvez commander le nouveau biosystema ici (format papier: 20 euros).

 

https://materiologiques.com/304-thickbox_default/biosystema-312018-introduction-aux-methodes-comparatives-phylogenetiques.jpg

 

La reconstruction phylogénétique Concepts et méthodes (Nouvelle édition revue et augmentée)

Sous la direction de Pierre Darlu & Pascal Tassy, avec la collaboration de Cyril d’Haese & René Zaragueta i Bagils

La nouvelle édition de Darlu et Tassy est en vente dès maintenant avec une remise “souscription” de 25 %, soit 22 €, frais de port inclus, valable jusqu’au 14 décembre 2018, au lieu de 29 €.

Le bon de souscription est disponible ici, la page web du livre est ici.

Présentation

Les arbres évolutifs, ou phylogénies, racontent une histoire, l’histoire des êtres vivants, de leur morphologie et de leurs gènes, mais aussi, l’histoire des langues, des textes, des faits culturels ou même des idées. Ces arbres sont avant tout des hypothèses sur les liens de parentés qui exigent réflexions à la fois sur les faits et sur les méthodes. Ce livre définit les concepts fondamentaux de la reconstruction phylogénétique. Il explique la nature et la diversité des approches pratiquées depuis leurs balbutiements au XIXe siècle jusqu’à nos jours. Il insiste, de manière pédagogique et aussi objectivement que possible, sur leurs performances et leurs limites, en fonction de la nature des données étudiées.

Cet ouvrage constitue une version largement augmentée de La Reconstruction phylogénétique. Concepts et méthodes publié en 1993 dans la collection « Biologique théorique » des éditions Masson. Il tient donc compte des méthodes et débats qui ont marqué l’évolution rapide de la discipline ces vingt-cinq dernières années.

Il s’adresse aux étudiants des 1er, 2e et 3e cycles et aux chercheurs non spécialistes de phylogénie mais désireux de connaître l’état actuel de la question.

 

Programme de la journée

 

En Octobre 2018, l’équipe pédagogique du Master « Systématique, évolution, paléontologie » (MNHN-SU) et la Société Française de Systématique organisent pour la première fois une journée dédiée aux « jeunes systématiciens ». Elle s’adresse à des chercheurs non-contractuels ayant au moins débuté leur thèse (étudiants en cours de thèse, chercheurs postdoctoraux, ATER, docteurs en recherche d’emploi, etc.), mais les étudiants de Master et les chercheurs en poste sont également encouragés à assister aux présentations.

Cette journée a pour objectif de valoriser les travaux de jeunes chercheurs en taxinomie, phylogénie et paléontologie dans un environnement favorable à l’échange et à la discussion. Deux chercheurs récemment recrutés feront part de leur expérience et initieront la première et deuxième partie de journée.

Cette journée est entièrement gratuite (mais l’inscription est obligatoire) et se déroulera le vendredi 12 octobre de 10h à 18h dans l’amphithéâtre de la Grande Galerie de l’Évolution (Jardin des Plantes, Paris).
La date limite de soumission est le Jeudi 20 Septembre 2018 et les présentations ne doivent pas excéder les 15 minutes.

 

Pour soumettre : https://fr-systematique.sciencesconf.org/user/submit

Pour s’inscrire : https://fr-systematique.sciencesconf.org/registration/index

 

L’assemblée générale annuelle de la SFS se tiendra durant la pause déjeuner. La journée se terminera par la remise du prix Jacques Lebbe récompensant chaque année le travail d’un Master 2 en Systématique. L’étudiant sélectionné sera invité à présenter brièvement son travail.

 

 

En espérant vous voir nombreux !

Paul Zaharias & Véronique Barriel

Réimpression du livre épuisé Formaliser le vivant : lois, théories, modèles ? (Hermann, 2010, 388p.).

Présentation :

Peut-on formaliser le vivant ? Peut-on réduire une plante à une simple formule mathématique ? Goethe ne l’aurait pas admis. Pour beaucoup encore, cette question ne se pose même pas tant elle peut sembler provocante et contre-nature. Dans une perspective à la fois historique et épistémologique, ce livre rend compte de travaux contemporains qui ont pourtant tous tenté de braver cet interdit. C’est en grande partie sur ce terrain, hautement problématique, que, dans les premières décennies du XXe siècle, on voit naître puis s’épanouir la pratique des modèles mathématiques appliquée aux sciences végétales. On voit en particulier que ces pratiques nouvelles de modélisation entrent en concurrence avec une tradition ancienne de théorisation mathématique des formes du vivant. C’est même devant les limites des essais théoriques récurrents que le tournant formel des modèles se confirme et permet des avancées incontestables. À l’heure où toutes les sciences à objets complexes parlent beaucoup de modèles et moins de théories, est-ce le signe d’une victoire de la « modélisation » au détriment de la « théorie » ? Cette victoire est-elle définitive ? Cela a-t-il toujours un sens de les opposer ? Et qu’en est-il des « lois » ? En proposant une analyse des travaux mais aussi des positions épistémologiques de certains scientifiques impliqués, en explicitant le sens de ce qui les rapproche, de ce qui les distingue ou les oppose, cet ouvrage montre que l’émergence, l’expansion puis la diversification des pratiques de modélisation formelle du vivant ont contribué, sur le terrain scientifique lui-même, à bousculer les rapports épistémologiques traditionnels entre théories, lois et modèles tels qu’ils nous ont été légués par la physique.

Extrait de l’introduction générale :

Cet ouvrage met en lumière une des voies par lesquelles la science contemporaine est entrée dans l’ère des modèles. Par là, il propose de fournir quelques clés permettant d’expliquer comment ce qu’il faut appeler le tournant formel des modèles scientifiques a conduit, à partir du début du 20ème siècle, à une intense et permanente réorganisation des rapports épistémiques entre lois, théories et modèles.

Il est souvent affirmé que la pratique des modèles est aussi ancienne que la science et que l’époque contemporaine n’est nullement une exception à cet égard : le modèle ne serait ainsi au mieux qu’un essai, approché, de théorie. Ou bien il ne serait qu’une représentation analogique partielle et simplificatrice servant à la prédiction ou encore au calcul, comme les pratiques très anciennes des ingénieurs peuvent déjà en montrer l’exemple.

Pour éviter le nivellement historique sur cette question, et pour prendre la mesure de la tension épistémologique inédite puis réitérée que l’introduction puis l’essor des modèles formels ont historiquement occasionnée au 20ème siècle, il faut d’abord se mettre d’accord sur un caractère particulier de ce que l’on appelle aujourd’hui communément «modèles», au-delà de la diversité, incontestable, de leurs formes et de leurs usages : il s’agit essentiellement de modèles formels, qu’ils soient de nature mathématique, logique ou informatique. On le sait : le recours au terme de modèle pour désigner non plus seulement une maquette en format réduit mais tout type de construit formel servant à faciliter tantôt une représentation, un calcul, une expérimentation, voire la communication entre chercheurs, vient en grande partie de l’essor antérieur des modèles analogiques puis formels dans la physique de la fin du 19ème siècle.

Rappeler ce fait connu ne suffit pas : il est crucial de comprendre aussi qu’en devenant des construits formels, les modèles ont d’une part facilité leur diffusion dans l’ensemble des sciences. Mais ils ont d’autre part semblé brutalement adopter la même forme, voire le même langage que les lois ou que les théories. De cette apparente communauté de nature, il a résulté une concurrence inédite et intense entre ces différents moyens épistémiques de formalisation, en particulier dans les situations où ces moyens (lois, théories, modèles) étaient appliqués à des phénomènes particulièrement complexes, comme les phénomènes du vivant. En physique théorique, cette concurrence, qui a d’abord été l’objet de vives controverses, pourra en revanche être assez vite neutralisée : les fonctions des théories et des modèles pourront finalement y paraître complémentaires. À partir des années 1930, les querelles épistémologiques entre modélistes anglo-saxons et antimodélistes continentaux sembleront ainsi dépassées. L’émergence de la théorie mathématique des modèles servira notamment à confirmer théoriquement l’intérêt du recours aux modèles formels en physique. Mais, dans les domaines où les théories manquent ou sont contestées, le statut des modèles formels persiste à côtoyer dangereusement celui des lois ou des théories. C’est la raison pour laquelle, en particulier dans les sciences à phénomènes complexes, multifactoriels et enchevêtrés, le tournant formel des modèles du début du 20ème siècle a continué à occasionner durablement une réorganisation des rapports entre lois, théories et modèles. Ce fait historique a souvent été inaperçu ou sous-estimé.

 Sommaire

  • INTRODUCTION
  • I. DES LOIS AUX MODELES
  • II. RESISTANCE DES THEORIES AUX MODELES
  • III. NAISSANCE DES SIMULATIONS
  • IV. TOURNANT MATHEMATISTE DES THEORIES
  • V. EXTENSION ET DIVERSIFICATION DES MODELES
  • CONCLUSION

Disponibilité :
En librairie : https://www.placedeslibraires.fr/listeliv.php?mots_recherche=formaliser+le+vivant&base=allbooks
Via internet : https://www.decitre.fr/livre-pod/formaliser-le-vivant-9782705670894.html   ; https://www.priceminister.com/offer/buy/2804598789/formaliser-le-vivant-lois-theories-modeles-format-broche.html

12 juin 2018 de 19h à 21h – Hélène Morlon – 

« Remonter dans le temps pour comprendre l’évolution de la biodiversité »

Hélène Morlon est directrice de recherche au CNRS, chef d’équipe à l’institut de Biologie de l’Ecole Normale Supérieure.

Amphi Buffon, 15 rue Hélène Brion, 75013 Paris.
Métro/RER : Bibliothèque François Mitterrand. Bus : 62. 64. 89. 132. 325

Entrée libre (réservation par e-mail: centre_etudes_du_vivant@univ-paris-diderot.fr)

 

Pour écouter les rencontres précédentes : https://diderot-tv.univ-paris-diderot.fr/collections/les-battements-du-temps

Plus d’informations sur : http://centre-detudes-du-vivant.univ-paris-diderot.fr

Le livre Philosophie, histoire, biologie. Mélanges offerts à Jean Gayon est un ouvrage co-dirigé par Francesca Merlin et Philippe Huneman (CNRS et Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne). Il s’agit d’un assemblage de textes réunis en la mémoire de Jean Gayon, décédé à la fin du mois derniers. Pas moins de 28 contributeurs ont apportés leur pierre à cette édifice.

Résumé de l’éditeur:

Le philosophe et historien des sciences Jean Gayon est une figure éminente de ces deux disciplines. Son champ d’étude privilégié : la biologie, plus particulièrement la biologie de l’évolution. Au cours des trois dernières décennies, il a formé de nombreux chercheurs, no­tamment en encadrant des thèses souvent novatrices, et lancé une multitude d’initiatives de recherche qui ont permis à la philosophie de la biologie de prendre un essor sans pareil en France, grâce à des liens privilégiés avec les figures marquantes du domaine, œuvrant à l’époque aux États-Unis et en Angleterre.

Les textes rassemblés ici rendent hommage à l’homme, à l’enseignant et au penseur qui a largement impulsé le renouveau de la philosophie de la biologie, par ses réflexions déterminantes sur la théorie de l’évolution, la génétique, le hasard, etc., objets et concepts repensés conjointement à la lumière de l’approche classique de l’« épistémologie historique » et de celle fondée sur la philosophie analytique. Collègues, élèves et amis, réunis lors de journées d’hommage en mars 2017 dont ce livre est issu, montrent à quel point Jean Gayon est un pilier essentiel de la nouvelle philosophie des sciences. Au fil de 26 chapitres, répartis en quatre parties (« Épistémologie historique et philosophe de la biologie », « Histoire de la génétique », « Études d’histoire et de philosophie de la biologie évolutive : thèmes de Jean Gayon », « Regards sur Jean Gayon, historien et philosophe, enseignant et chercheur »), ce livre témoigne de la présence et de la nécessaire postérité de l’œuvre de Jean Gayon. (https://materiologiques.com/sciences-philosophie-2275-9948/259-jean-gayon-philosophie-histoire-biologie-9782373611441.html)

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