Marcel Weber (Professor in Philosophy): What’s Special About Genes? Causal Specificity, Information, and Genetic Causation

Mercredi 27 avril 2016, 12h-13h30

Université de Bordeaux, campus Carreire
Résumé :
Philosophers of biology have recently been debating to what extent such nucleic acids that are said to carry genetic information (i.e., DNA or mRNA) really play a special role in development. A recent attempt to defend such a special role consists in arguing that nucleic acid is what makes an actual difference (as opposed to potential differences) to the amino acid sequence of proteins. However, this is not sufficient as there are often other actual-difference makers involved in protein synthesis, for example, splicing or post-translational modification mechanisms. For this reasons, it has been suggested that what distinguishes nucleic acid is their causal specificity. Causal specificity has to do with the amount of control that interventions on the cause variable can exert on the effect variable. However, a quantitative measure of causal specificity can be used to show that in many cases the specificity of non-genetic causes is a full match to the genetic causes. In this talk, I will argue that what matters biologically is the causal specificity that inheres in possible interventions that are biologically normal, where biological normality is defined both in terms of what can happen in a population of organisms at a non-negligible probability and what is consistent with normal biological functioning of the rest of the organism. This kind of causal specificity is higher for genetic causes than for the (known) non-genetic causes.
 

Journées Annuelles de la SFS – les 10 et 11 septembre 2016, à l’Aigle

Formulaire d’inscription, journées 2016

Appel à contribution 2016

Chers collègues,

Cette année, le thème des Journées Annuelles de notre société est intitulé « phylogénie, taxonomie et nomenclature ». Ce thème est au cœur des problématiques de notre société, puisque la taxonomie moderne est censée refléter la phylogénie, et que notre nomenclature doit permettre de nommer les taxons, dont la plupart sont censés être des clades, au moins pour les taxons supra-spécifiques. Ainsi, la demi-journée que nous espérons consacrer à cette thématique abordera ces trois thèmes (phylogénie, taxonomie et nomenclature), ainsi que le lien qui existe, ou qui devrait exister, entre ces domaines. Ce lien ne fait pas l’unanimité ; ainsi, certains auteurs (e.g. Benton, 2000) contestent l’idée maintenant assez bien établie que les taxons supraspécifiques doivent forcément être monophylétiques, ce qui implique que le lien entre phylogénie et taxonomie soit imparfait. D’autres contestent que notre système de nomenclature devrait être conçu pour nommer des clades (Dubois, 2007 : 43), car ceci suppose un modèle surtout divergent d’évolution, alors que certains phénomènes (hybridation et transferts horizontaux) causent de la réticulation. Les taxons considérés comme des espèces posent une série d’autres problèmes, car leur ontologie est floue (Ereshefsky, 2002) : s’agit-il de clades, de communautés de reproduction, de lignées évolutives, d’une combinaison de deux ou trois de ces entités, ou encore d’autre chose ? On ne sera pas surpris d’apprendre que plus d’une centaine de définitions de l’espèce ont été proposés (Lherminier & Solignac, 2005). Peut-on et doit-on et doit-on appliquer les mêmes règles de nomenclature aux espèces qu’aux taxons de rang supérieur ? Les catégories linnéennes, qui constituent, avec les types, le fondement de la nomenclature Linnéenne-Stricklandienne légiférée par les codes de nomenclature traditionnels (code zoologique, botanique et bactériologique, principalement), ont été fortement critiquées (Laurin, 2008). Sont-elles adaptées à la nomenclature des taxons, ou devraient-elles être abandonnées en faveur de systèmes alternatifs, comme le PhyloCode (Cantino & de Queiroz, 2010) ou la nomenclature cladotypique (Béthoux, 2007) ? Voici quelques-unes des questions qui pourront être abordées dans cette séance thématique, puis débattues lors la table-ronde qui aura lieu à la fin de cette séance et qui impliquera tous les participants du congrès qui le souhaiteront.

Bien entendu, le reste des journées sera consacré aux présentations libres et aux événements habituels, comme l’assemblée générale, la remise du prix Jacques Lebbe, etc. Le tout, dans le cadre exceptionnel d’un beau château de la Renaissance situé dans un site calme (3 km à l’extérieur de l’Aigle), ce qui promet une convivialité sans précédent pour nos journées. Nous espérons vous voir nombreux !

Michel Laurin et Philippe Lherminier

Références :

Benton, M.J., 2000. Vertebrate Palaeontology, Blackwell, Oxford, 452 p.

Béthoux, O., 2007. Propositions for a character-state-based biological taxonomy. Zoologica Scr. 36, 409–416.

Cantino, P.D., de Queiroz, K., 2010. PhyloCode: a phylogenetic code of biological nomenclature.  Version 4c.

Dubois, A., 2007. Phylogeny, taxonomy and nomenclature: the problem of taxonomic categories and of nomenclatural ranks. Zootaxa 1519, 27–68.

Ereshefsky, M., 2002. Linnaean ranks: Vestiges of a bygone era. Phil. Sci. 69, S305–S315.

Laurin, M., 2008. The splendid isolation of biological nomenclature. Zoologica Scr. 37, 223–233.

Lherminier, P., Solignac, M., 2005. L’espèce, Syllepse, Paris, 694 p.

 

Informations pratiques :

Hôtels suggérés à l’Aigle

– Le Cygne, 31 rue Saint-Barthélémy, l’Aigle. Chambres simples à 54€; doubles à 57€; 7 chambres disponibles en tout. Tel. 02 33 34 80 75.

– Le Dauphin, Place de la Halle, l’Aigle. Chambres à 85 à 102€; doubles de 94 à 111€; triples de 131 à 148€; 20 chambres disponibles. Tel. 02 33 84 18 00.

– Le Piazza Café, 7 Place Boislandry, l’Aigle. 2 chambres doubles à 45 €; 2 triples à 60€. Tel. 02 33 24 69 50.

– Pub brasserie O’Château, 11 Place de Saint-Martin, l’Aigle. 5 chambres à 55 € petit déjeuner compris (sauf dimanche, 5€/personne). Tel. 02 33 24 00 97.

 

Ces hôtels sont en ville, à 3km du Château (lieu de notre Congrès), ce qui facilitera le transport entre les hôtels et le château du Fontenil, soit par co-voituraga, soit par taxi (ou par vélo, pour les sportifs). Certains ont déjà des réservations pour cette période, alors vous devriez réserver le plus tôt possible. Il y a aussi de charmants gites ruraux dans la région, mais il vaut mieux disposer d’une voiture pour s’y rendre.

Phylogénie, taxonomie et nomenclature

Pour la première fois, les journées annuelles auront lieu en province, dans le prestigieux Château du Fontenil (16ème siècle), classé monument historique et lieu de chute de la météorite de l’Aigle (1803), la première météorite à avoir été intégrée à une collection d’un musée d’histoire naturelle.

Situé à 75 minutes en train de Paris (départ de Montparnasse 3-Vaugirard), la gare de l’Aigle est à 3 minutes du château en taxi. Les journées auront lieu les samedi 10 et dimanche 11 septembre 2016. Le plan est disponible suivant ce lien.

Le congrès débutera le samedi matin à 10:30h, suffisamment tard pour prendre un train à Paris entre 8:30h et 9h et arriver à la gare de l’Aigle à 10:11h. Il se terminera dimanche à 16h, ce qui permettra aux participants d’arriver à Paris pour 18h. Une quinzaine d’étudiants pourraient loger sur place pour un prix modique et pourront éventuellement arriver la veille et repartir le lendemain. Trois repas seront servis sur place.

 

Fontenil

 

 

 

La Société de Physique et d’Histoire naturelle de Genève (SPHN) a l’honneur de vous informer qu’elle attribuera en 2016 le Prix de Botanique institué par Augustin-Pyramus de Candolle en 1841 et destiné à récompenser l’auteur ou les co-auteurs de la meilleure monographie d’un genre ou d’une famille de plantes ou de champignons (lichens compris). Le Prix s’adresse de préférence à des chercheurs en début de carrière.

Les monographies doivent être inédites ou publiées après le 31 janvier 2012. Par monographie, on entend le traitement complet du groupe considéré et sa distribution en un système de classification hiérarchique. Elle comprend la description des caractères morphologiques externes et des caractères internes – anatomiques, caryologiques, physiologiques, génétiques et moléculaires – s’ils sont utiles à la distinction en sous-groupes. La présence d’une bibliographie complète, d’une synonymie critique et de clefs de détermination est requise. Le travail doit être conforme aux règles du Code International de Nomenclature. On acceptera les traitements partiels : monographie d’une sous-famille, d’une tribu, d’un sous-genre ou d’une section, à condition que le groupe soit clairement défini par rapport à ses voisins.

Le Prix est ouvert aux auteurs de toute nationalité ou pays. Les travaux peuvent être rédigés en latin, fran ̧cais, allemand, anglais, italien, espagnol ou portugais. Un résumé d’au plus 4000 mots sera rédigé en fran ̧cais ou anglais.

Les monographies peuvent être soumises sous forme électronique, sur le site : https://vdgbox.ville-geneve.ch/index.php/s/Ikd7IwMDYc5o73H,
ou sous forme imprimée, en deux exemplaires, à l’adresse :
Prix Augustin-Pyramus de Candolle
Conservatoire et Jardin botaniques de la Ville de Genève
Case postale 60
CH-1292 Chambésy – Suisse

Pour plus d’information, veuillez contacter prix-candolle.cjb@ville-ge.ch. Les candidatures, accompagnées du résumé et de(s) curriculum vitae, doivent être re ̧cues avant le lundi 4 avril 2016.

Le montant du Prix 2016 est de CHF 5’000. Si les monographies soumises sont jugées insuffisantes ou non conformes aux conditions de cette annonce, ce montant peut être réduit ou non attribué. Le Prix sera décerné en novembre 2016. Les droits sur la monographie primée restent la propriété de l’auteur. Les copies soumises ne seront pas retournées aux auteurs. Pour l’historique du Prix, voir www.unige.ch/sphn/Prixetbourses.

Le Président de la SPHN

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Coordonné par Patrick Martin, Sophie Nadot, Christophe Daugeron

Version papier, version numérique

Ce volume de Biosystema est particulier. En effet, il est le trentième numéro d’une série entamée en 1987 (cf. Matile et al. 1987, rééd. 2013), c’est-à-dire il y a près de trente ans, et il consacre, précisément, les trente ans d’existence de la Société française de systématique (cf. Dumoulin & Ollivier 2013).

Pour fêter cet anniversaire particulier, la SFS a articulé ses journées annuelles de novembre 2014 autour du thème de l’arbre du vivant, pris comme une métaphore décrivant les relations entre tous les êtres vivant sur Terre, dans un contexte évolutif. Par le biais de communications balayant l’ensemble du vivant, sous des angles très variés mais incluant presque toujours une approche phylogénétique, ces journées ont démontré, s’il en était besoin, le rôle central de la systématique dans la façon d’aborder l’histoire évolutive des organismes. Elles ont rassemblé un public nombreux et ont suscité des discussions animées, des débats parfois vifs autour des concepts associés à la systématique, mais, surtout, un enthousiasme bien présent.

Le présent volume entend partager et prolonger cet état d’esprit, en présentant une sélection des communications présentées au cours de ces journées. Le lecteur pourra apprécier les avancées, parfois spectaculaires, dans la connaissance de la phylogénie et/ou l’origine de taxons précis sur les trente dernières années.

SOMMAIRE

Les trente ans de la Société française de systématique, par Patrick Martin, Sophie Nadot et Christophe Daugeron (7)

Discours d’introduction aux Journées de la Société française de systématique, par Daniel Goujet (11)

La phylogénie des téléostéens  : un chantier des méthodes en systématique, par Donald Davesne et Guillaume Lecointre (13)

L’origine des oiseaux, hier et aujourd’hui  : petit retour historique sur un changement de paradigme, par Armand de Ricqlès  (33)

L’arbre du vivant  : classification phylogénétique des Annélides, par Patrick Martin (49)

Un aperçu de la phylogénie des oiseaux, par Alice Cibois et Jérôme Fuchs (69)

La phylogénie des proboscidiens (Mammalia) ; une question de méthode, par Pascal Tassy (81)

Phylogénie et classification : concepts, méthodologie générale et postulats requis, par Pierre Deleporte (99)

« Arbori-culture »  : une typologie des « arbres » dans la culture phylogénétique, par Guillaume Lecointre (113)

Les deux biogéographies : biogéographie historique vs histoire géographique, par René Zaragüeta i Bagils (133)

Les paléoanthropologues sont-ils en meilleure position que les autres pour se permettre d’ignorer les règles de la systématique ? Un bref historique, par Valéry Zeitoun (155)

Conception et réalisation d’une exposition permanente consacrée à l’arbre du vivant, par Pierre Pénicaud (173)

Bulletin des Editions Matériologiques

12 décembre 2015

Pensez dès maintenant à vos cadeaux de Noël : des livres !

Nouveautés décembre 2015

Les actes des dernières Journées de la Société française de systématique (novembre 2014) :

L’arbre du vivant,
trente ans de systématique

Descriptif ici.

L’Evolution, de l’univers aux sociétés. Objets et concepts


Un nouveau livre de référence sur l’évolution, après Les Mondes darwiniens (voir ci-après). Coordonné par Muriel Gargaud, astrophysicienne, et Guillaume Lecointre, biologiste, il se veut une réflexion à plusieurs voix sur les principaux objets et concepts de la théorie de l’évolution, y compris loin de ses domaines d’application les plus évidents. C’est l’une de ses originalités. Conçu et rédigé par des spécialistes reconnus des nombreux domaines abordés ici, ce livre est toutefois destiné à tous ceux voulant connaître la discussion que doivent entreprendre les multiples sciences ayant un rapport plus ou moins ténu avec l’idée d’évolution.

Le livre s’adresse aux scientifiques d’autres domaines, aux philosophes – car la dimension épistémologique y est prégnante – et d’une manière générale à tous les lecteurs non spécialistes qui veulent en savoir plus sur des sujets en pleine effervescence théorique et expérimentale, grâce à une approche qui ne les trompe pas en s’abaissant à tenir un propos dévalué, outrancièrement simpliste, comme on peut en lire trop souvent. Les choses sont dites, les pierres d’achoppement sont visibles, car il s’agit de science et la science marche de ce pas si spécifique, en se questionnant en permanence. Ce livre témoigne de cet effort.

Présentation détaillée et pour acheter le livre : cliquer ici.

Livraison Colissimo offerte (délais moyens : 48 heures).


Rappel

Les Mondes darwiniens

Volume 1

Rappel

Les Mondes darwiniens

Volume 2

D’après Sylvestre Huet (Libération) : « Cette somme illustre à merveille à quel point, comme le disait Jacques Monod, le darwinisme constitue la toile de fond de toute la science biologique », « Livre majeur », « L’enjeu culturel et social a donc manifestement servi de moteur à cette initiative remarquable », etc.

Notre best-seller, considéré comme une référence sur la philosophie de la physique quantique, en cours de traduction en anglais et bientôt à paraître dans une grande maison d’édition anglo-saxonne.

Descriptif : ici.

Livraison en 48 heures offerte.

Le roman d’un biologiste de l’évolution. L’action se situe dans des labos de biologie spécialisés dans l’étude des micro-organismes, des effets de compétition, d’altruisme, de coopération… Les ego des directeurs de labos, l’ambition exacerbée de certains de leurs étudiants, les théories en présence, etc., constituent la trame de cette histoire où se mêlent réflexion scientifique et affects humains. Des thèmes peu courants dans la littérature française.
Voir la présentation du livre ici.Livraison en 48 heures offerte.

Voir la tribune dans Libération (5/11/2015), « Les microbe, pilotes de nos conflits intérieurs ? »

Jours funestes,
raisons de penser…

 

1) Les collections aujourd’hui au Muséum

Les collections naturalistes
http://www.dailymotion.com/video/k5SC55k05iMlc4e9s4N

Les collections documentaires
http://www.dailymotion.com/video/k4tsCHP0CsbkR6e9sgU

La collection de minéralogie
http://www.dailymotion.com/video/k1SXuco9XM1mFAe9sYN

Les collections sensibles
http://www.dailymotion.com/video/k5dFTcnVxI17COe9IMn

Intérêt des bases de données de collections:
http://www.dailymotion.com/video/kRB5J4uxpHLI58e9IRI

débat : Comment ont évolué les collections au Muséum
http://www.dailymotion.com/video/k6X8ceYwGZiOGQe9t2y

2) Les collections dans les activités scientifiques du Muséum

Les collections nationales
http://www.dailymotion.com/video/k7ogWcirdI5ID9e9t5O

L’utilisation des collections par la recherche
http://www.dailymotion.com/video/k1x7G6NnJy3REwe9KUn

Les collections exposées
http://www.dailymotion.com/video/k6Vii7VqOYBWEoe9t8r

Les collections entreposées
http://www.dailymotion.com/video/k5maX9jHuU78jne9t9X

débat : Les collections au Muséum sont-elles suffisamment accessibles ?
http://www.dailymotion.com/video/k4e5iWumPVvzn3e9tbO

3) L’enrichissement des collections au Muséum

Les grandes expéditions
http://www.dailymotion.com/video/k4SeeneuAdUfqDe9td3

L’herbier des frères Crouan
http://www.dailymotion.com/video/k1AFvijuBH1sF2e9tfw

Les acquisitions de minéraux
http://www.dailymotion.com/video/k4qvanN9Bm7EACe9th0

La collection d’ostéologie
http://www.dailymotion.com/video/k1jn6EB2Ltlknye9tiI

Le rôle des associations
http://www.dailymotion.com/video/k2CfSJifrPW2b3e9tkQ

Le rôle des sciences participatives
http://www.dailymotion.com/video/k1iDcY01bcx6i2e9toS

clôture: Quel avenir pour les collections au Muséum ?
http://www.dailymotion.com/video/k5pIMOkDOi2vqDe9tpC

Lundi 14 décembre 2015 de 17 h à 19 h
A l’EHESS, Salle 13, 105 bd Raspail, 75006 Paris -(6e étage)
 
M. Pierre DARLU (CNRS-MNHN)
présentera une conférence sur
«Linguistique historique et génétique des populations »
 
Résumé : On proposera un point de vue critique sur la façon dont l’histoire des langues et l’histoire des populations humaines se sont construites en parallèle et en correspondance, depuis le début du XIX° siècle jusqu’à nos jours.
D’un point de vue méthodologique, les convergences semblent nombreuses : les linguistes et les généticiens des populations utilisent les mêmes approches cladistiques ou probabilistes de reconstruction phylogénétique.
La validité des transferts de méthodes sera discutée.
On montrera comment les généticiens des populations détournent des données linguistiques pour leur propre compte, souvent de façon réductionniste, en les exprimant sous forme exploitable par les modèles d’évolution dont ils sont familiers. Le choix des modèles et les résultats inférés, en termes d’apparentement, de temps de divergence, de mélanges, dépendent étroitement des échelles d’observation, à la fois dans l’espace et dans le temps.
Quelques exemples seront donnés à ces différents niveaux, en particulier en confrontant les dernières inférences sur les variations dialectales en France et en Pays Basques et sur le peuplement de l’Europe, vu du coté des paléogénéticiens et des linguistes.

Par Fabrizio Cecca et René Zaragüeta i Bagils. EDP Sciences. Collection Géosphère.

Au début du XIXe siècle, eut lieu une des découvertes fondamentales des sciences de la vie et de la Terre. Il s’agit de la découverte d’une nouvelle géographie, différente de la géographie physique et de la géographie politique. Ce fut au début une géographie botanique qui devint par la suite biotique : la biogéographie.
La biogéographie est l’étude de la distribution des êtres vivants sur la surface terrestre. Cette enquête scientifique occupe les chercheurs depuis plus de deux siècles. Néanmoins, force est de constater qu’il n’existe presque aucun laboratoire ou département de recherche spécialisé dans la seule biogéographie et que pratiquement aucun chercheur ne se définit uniquement comme biogéographe. La biogéographie semble s’intégrer à un grand nombre de recherches sur la biodiversité tout en se diluant quelque peu dans cette tâche.
Les auteurs ont choisi le parti pris de la défense d’une vision particulière de la biogéographie : celle de l’approche historique de la classification des aires d’endémisme. L’histoire des diverses traditions en biogéographie historique ainsi que la théorie de cette discipline sont traitées d’une façon originale.
Les fondements empiriques et théoriques qui contribuent à la richesse de cette discipline sont traités en essayant de rester à un niveau accessible. Les principaux processus et mécanismes à l’oeuvre dans la modification du vivant et de la surface terrestre sont décrits. Les moyens de découverte des motifs récurrents qui ont permis de redéfinir l’évolution comme un changement du vivant mais aussi de la géographie sont exposés. Le livre donne les clés pour comprendre que la Terre et la vie évoluent ensemble.
S’agissant d’une discipline historique, les auteurs se concentrent sur les enseignements du passé : les recherches en paléontologie, en géosciences et en reconstruction phylogénétique constituent les fondements sur lesquels se dresse le riche édifice paléobiogéographique. Cet édifice étant toujours en construction, les problèmes et les perspectives sont également abordés.
Ce livre s’adresse aux étudiants de niveau master et supérieur ainsi qu’aux enseignants et aux chercheurs qui souhaitent aborder des aspects biogéographiques dans leurs études de la biodiversité actuelle et passée.

http://laboutique.edpsciences.fr/produit/804/9782759812356/Paleobiogeographie

paleobiogeo